Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung memegang prinsip bahwa pembinaan para mahasiswa teologi mencakup 4 aspek yaitu: kerohanian, kompetensi pelayanan, karakter dan pengetahuan kebenaran yang solid. Penggabungan keempat aspek tersebut terlihat di dalam berbagai kehidupan di kampus.
Setiap hari sebelum makan pagi, mahasiwa diwajibkan melakukan saat teduh. Kegiatan perkuliahan dimulai dari pukul 07:45 hingga 12:20. Di antara waktu tersebut, yaitu pukul 09.40-10.30 setiap hari Selasa sampai Kamis diadakan kebaktian pagi, di mana mahasiswa tingkat tiga ke atas mendapat kesempatan berkotbah. Makan siang pukul 12:30 hingga 12:50 dilanjutkan dengan perkuliahan sampai dengan pukul 15:00. Pukul 19:00 sampai dengan pukul 22:00, mahasiswa melanjutkan dengan studi mandiri di perpustakaan. Di luar doa pribadi sebelum tidur, para mahasiswa juga diwajibkan untuk melakukan doa kamar bersama 2 kali seminggu.
Sebagai bagian dari formasi spiritual, para mahasiswa juga diberikan tanggung jawab untuk mempersiapkan ruang makan, menata meja dan juga mencuci piring dan sendok setelah makan. Melalui latihan-latihan tersebut diharapkan mahasiswa belajar bertanggung jawab dengan baik dan memiliki integritas pribadi yang utuh.
STT Amanat Agung juga membina kerohanian para mahasiswa agar terjadi suatu keseimbangan antara kehidupan rohani dan pengenalan mendalam akan Kristus. Setiap pembukaan semester diselenggarakan serangkaian kebaktian pemupukan rohani yang selalu disertai dengan doa dan puasa. Pada saat seperti inilah, mahasiswa ditantang kembali untuk bersandar kepada Tuhan dan memohon pimpinanNya.
Family Group dengan Dosen Wali
Untuk menggalang keakraban antara mahasiswa dengan dosen serta sebagai sarana pembinaan rohani, maka semua mahasiswa masuk dalam Family Group yang beranggotakan beberapa mahasiswa (5-7 orang) dengan seorang dosen wali.
Family Group ini dapat bersifat persekutuan doa, PA, diskusi kelompok, pembimbingan pribadi, dan kegiatan lainnya. Family group ini juga merupakan sarana pembimbingan pastoral kepada mahasiswa dengan berbagai permasalahan yang dihadapi baik berkaitan dengan proses studi maupun dalam persoalan pribadi.