Sebagai lembaga pendidikan tinggi, STT Amanat Agung giat melaksanakan penelitian yang merupakan bagian dari Tridharma Perguruan Tinggi.
STT Amanat Agung mempunyai tiga (3) Pusat Studi dan sebuah pusat pembinaan warga gereja:
1. Pusat Studi dan Pengembangan Pelayanan Kaum Muda (PSPPKM)
Menyikapi tantangan di dalam pelayanan kaum muda hari ini, STTAA aktif melakukan penelitian dalam youth ministry melalui Pusat Studi dan Pengembangan Pelayanan Kaum Muda dengan tujuan memperlengkapi para aktivis maupun para hamba Tuhan untuk pelayanan dewasa maupun kaum muda secara kontekstual. Hasil penelitian PSPPKM didiseminasikan secara rutin melalui buku-buku, Jurnal Amanat Agung, Jurnal Youth Ministry, Simposium Pelayanan Kaum Muda, maupun Simposium Regional yang dilakukan di daerah bekerjasama dengan gereja lokal.
2. Pusat Studi Pengembangan Gereja (PSPG)
STT Amanat Agung juga mempunyai Pusat Studi Pengembangan Gereja yang juga melakukan berbagai penelitian tentang gereja. Hasil penelitian terbaru PSPG didiseminasikan dalam Webinar Hasil Survei Pengalaman Ibadah Jemaat dalam Ibadah Online.
3. Pusat Studi Biblika (PSB)
STT Amanat Agung juga mempunyai Pusat Studi Biblika.
4. Pusat Pembinaan Warga Gereja Emmaus Center
"Dari pada-Nyalah seluruh tubuh,
-- yang rapih tersusun dan diikat menjadi satu oleh pelayanan semua bagiannya, sesuai dengan kadar pekerjaan tiap-tiap anggota --
menerima pertumbuhannya dan membangun dirinya dalam kasih."
Efesus 4:16 (ITB)