Sebagai lembaga pendidikan tinggi, komitmen Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung pada pendidikan dan pengajaran yang berkualitas tinggi ditunjukkan oleh salah satu nilai inti STT Amanat Agung, yaitu Scientia yang berarti tradisi kualitas akademik yang tinggi di STT Amanat Agung. Para mahasiswa ditempa secara ketat selama masa studi mereka. Selain mata kuliah biblika, sistematika, historika, pastoral, bahasa asli Alkitab (Yunani dan Ibrani), mahasiswa juga memppelajari keterampilan-keterampilan lainnya yang menjadikan mereka semakin siap memasuki ladang. Mahasiswa tingkat I mendapatkan kuliah "Bahasa Inggris" sebagai kuliah reguler non-SKS selama satu tahun pertama. Mata kuliah "Teori Belajar," dan "Berpikir Sistematis" membentuk logika dan alur berpikir yang jelas.

Namun, tradisi akademik tidak berarti STTAA hanya menuntut para mahasiswa/i untuk terus memacu diri.

Saat ini, STT Amanat Agung mempunyai 6 orang dosen lulusan S3 dari seminari dan universitas berkualitas di luar negeri, yaitu: 
- Pdt. Andreas Himawan, D.Th., doktor dari Trinity Theological College, Singapore, merupakan scholar Karl Barth yang langka di kalangan evangelical.
- Pdt. Armand Barus, Ph.D., doktor Perjanjian Baru dari University of Aberdeen, Skotlandia, dan post-doktoral dari Oxford University, Inggris.
- Casthelia Kartika, D.Th., doktor dari Lutheran Theological Seminary, Hongkong.
- Pdt. Jonly Joihin, S.H., Ph.D., doktor dari The Southern Baptist Theological Seminary di Louisville, Kentucky, Amerika Serikat
- Surif, D.Th., doktor Perjanjian Baru dari Trinity Theological College, Singapore. 
- Pdt. Yohanes Adrie Hartopo, Ph.D., doktor Hermenetik dari Westminster Theological Seminary, Philadelphia, Pennsylvania, Amerika Serikat.

Setiap tahun, STT Amanat Agung mengirim dosen-dosen untuk studi lanjut di dalam maupun di luar negeri. Tahun 2019, dosen yang sedang menimba ilmu di dalam maupun luar negeri berjumlah 3 orang, yaitu: 
- GI. Astri Sinaga, M.Th., saat ini sedang studi Ph.D. di AGST, Manila.
- Pdt. Irwan Hidajat, S.Th., M.Pd., saat ini sedang studi M.Th. di UKDW, Yogyakarta.
- Pdt. Johan Djuandy, Th.M., mengambil Ph.D. di The Southern Baptist Theological Seminary di Louisville, Kentucky.

Selain mengutus dosen melakukan studi lanjutan, setiap tahunnya STTAA mendanai para dosen yang melakukan riset jangka pendek sebagai visiting scholar di Perguruan Tinggi maupun Seminari di dalam, atau di luar negeri. 

Tradisi akademik yang tinggi di STT Amanat Agung ditunjukkan dengan telah diakreditasinya Program Studi Sarjana Teologi (S.Th.) dan Program Studi Magister Teologi (M.Th.) oleh  Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT).

Di aras regional, Program Studi Sarjana Teologi (S.Th.), Program Studi Magister Divinitas (M.Div.), dan Program Studi Magister Teologi (M.Th.) telah diakreditasi oleh Asia Theological Association (ATA).

"Ajarkanlah kepadaku kebijaksanaan dan pengetahuan yang baik, sebab aku percaya kepada perintah-perintah-Mu."
Mazmur 119:66 (ITB)