Sebagai lembaga pendidikan tinggi, STT Amanat Agung giat melaksanakan penelitian yang merupakan bagian dari Tridharma Perguruan Tinggi.
STT Amanat Agung mempunyai lima (5) Pusat Studi dan sebuah pusat pembinaan warga gereja:
- Pusat Studi dan Pengembangan Pelayanan Kaum Muda (PSPPKM)
Menyikapi tantangan di dalam pelayanan kaum muda hari ini, STTAA aktif melakukan penelitian dalam youth ministry melalui Pusat Studi dan Pengembangan Pelayanan Kaum Muda dengan tujuan memperlengkapi para aktivis maupun para hamba Tuhan untuk pelayanan dewasa maupun kaum muda secara kontekstual. Hasil penelitian PSPPKM didiseminasikan secara rutin melalui buku-buku, Jurnal Amanat Agung, Jurnal Youth Ministry, Simposium Pelayanan Kaum Muda, maupun Simposium Regional yang dilakukan di daerah bekerjasama dengan gereja lokal. - Pusat Studi Pengembangan Gereja (PSPG)
STT Amanat Agung juga mempunyai Pusat Studi Pengembangan Gereja yang juga melakukan berbagai penelitian tentang gereja. Hasil penelitian terbaru PSPG didiseminasikan dalam Webinar Hasil Survei Pengalaman Ibadah Jemaat dalam Ibadah Online. - Pusat Studi Biblika (PSB)
Pusat studi ini menyediakan suatu lingkungan penelitian berkolaboratif antara ahli Biblika dan pemimpin gereja, sehingga diharapkan dapat menghasilkan produk penelitian di bidang biblika yang berkualitas tinggi dan berkontribusi bagi ajaran gereja di dalam menjawab isu-isu yang berkembang pada masa kini. Lebih lanjut, sebagai institusi yang bernafas Injili produk penelitian pasti berdasar pada Alkitab sebagai Firman Tuhan yang normatif bagi umat Kristen. - Pusat Pembinaan Warga Gereja Emmaus Center
Emmaus Center adalah pusat pembinaan dan pelatihan yang dibuka oleh Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung (STTAA) dan dikhususkan untuk membantu para rohaniwan, pengurus dan aktivis di gereja-gereja Tuhan agar dapat melayani dengan lebih kreatif, efektif dan inovatif. - Pusat Studi teologi dan Etika (PSTE)
Visi pusat studi ini adalah Menjadi lembaga pengkajian teologi dan etika yang bermutu dan yang berpengaruh di Indonesia dalam ranah studi teologi dan etika Kristen.
"Dari pada-Nyalah seluruh tubuh,
-- yang rapih tersusun dan diikat menjadi satu oleh pelayanan semua bagiannya, sesuai dengan kadar pekerjaan tiap-tiap anggota --
menerima pertumbuhannya dan membangun dirinya dalam kasih."
Efesus 4:16 (ITB)