Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung memiliki nilai-nilai inti yang beroperasi dalam setiap aspek pembelajaran maupun kehidupan berkomunitas. Keempat nilai inti terintegrasi di dalam logo STTAA, menunjukkan bahwa keempat nilai ini menjadi bagian yang terintegrasi di dalam kehidupan civitas academica STTAA.
- Nilai pertama adalah Scriptura, yaitu Alkitab adalah fondasi kami. Kami berpegang teguh pada Alkitab sebagai dasar dan norma dalam dinamika berteologi dan melayani serta menjadi sumber pemberitaan.
- Nilai yang kedua adalah Scientia, yaitu kualitas akademis adalah tradisi kami. Kami menekankan kualitas pendidikan dengan standar akademis yang tinggi dalam tradisi Injili dengan wawasan berpikir kritis.
- Nilai yang ketiga adalah Sanctitas, yaitu kekudusan adalah pola hidup kami. Dalam hal ini kami menjunjung tinggi kekudusan dalam hidup pribadi dan komunitas yang berdasarkan kecintaan kepada Tuhan, dibentuk melalui ibadah dan disiplin rohani, dan diwujudkan dalam integritas, kemurnian, dan kasih.
- Nilai keempat yang kami pegang adalah Servitas, yaitu pelayanan adalah komitmen kami. Kami meyakini pentingnya pelayanan untuk menjadikan semua bangsa murid Kristus dengan semangat bela rasa, kerendahan hati, pengorbanan, dan kesetiaan, disertai dengan jiwa profesionalisme dan kepekaan terhadap konteks budaya.