Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung memiliki nilai-nilai inti yang beroperasi dalam setiap aspek pembelajaran maupun kehidupan berkomunitas. Keempat nilai inti terintegrasi di dalam logo STTAA, menunjukkan bahwa keempat nilai ini menjadi bagian yang terintegrasi di dalam kehidupan civitas academica STTAA.
- Nilai pertama adalah Scriptura, dilambangkan oleh Alkitab di kiri atas, menyampaikan bahwa Alkitab adalah fondasi kami. Sebagai wahyu dari "Alfa dan Omega, Yang Pertama dan Yang Terkemudian, Yang Awal dan Yang Akhir," Alkitab kami pegang teguh sebagai dasar dan norma dalam dinamika berteologi dan melayani serta menjadi sumber pemberitaan yang tidak dapat dikompromikan.
- Nilai kedua adalah Scientia, dilambangkan oleh mortarboard dan scroll, menegaskan tradisi kualitas akademis. Kami menekankan kualitas pendidikan dengan standar akademis yang tinggi dalam tradisi Injili dengan wawasan berpikir kritis.
- Nilai ketiga adalah Sanctitas, dilambangkan oleh semak terbakar, menyatakan panggilan dalam kekudusan. Kami menjunjung tinggi kekudusan dalam hidup pribadi dan komunitas yang berdasarkan kecintaan kepada Tuhan, dibentuk melalui ibadah dan disiplin rohani dan diwujudkan dalam integritas, kemurnian dan kasih.
- Nilai keempat adalah Servitas, dilambangkan oleh kandil dengan tujuh lampu, menyatakan komitmen yang terus menyala untuk pekerjaan TUHAN. Kami meyakini pentingnya pelayanan untuk menjadikan semua bangsa murid Kristus dengan semangat belas kasih/bela rasa, kerendahhatian, pengorbanan, dan kesetiaan disertai dengan jiwa profesionalisme dan kepekaan terhadap konteks budaya.