Terbeban oleh keinginan untuk menghasilkan pekerja-pekerja yang bermutu bagi pekerjaan penuaian di ladang Tuhan, maka sejak 1992 Majelis dan para Hamba Tuhan Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar (GKJMB) Jakarta, sekarang Sinode Gereja Kristus Yesus, telah menggumuli kemungkinan-kemungkinan untuk mendirikan lembaga pendidikan teologi untuk memenuhi kebutuhan tersebut.
25 Oktober 1993
Majelis GKJMB sepakat untuk mendirikan sebuah Sekolah Tinggi Teologi (STT). Langkah awalnya bermula dari penunjukan beberapa anggota majelis untuk memikirkan pendirian STT. Kemudian Majelis GKJMB melalui Badan Studi Hamba Tuhan mengutus beberapa Hamba Tuhan GKJMB ke USA untuk studi lanjut untuk dipersiapkan menjadi tim dosen inti dalam STT.
14 Desember 1995
Majelis mengangkat pengurus Yayasan dengan jumlah 13 orang anggota. Pengurus inilah yang mulai memikirkan nama sekolah teologi yang akan didirikan, ijin pendirian dan lain-lain.
13 Juni 1996
Nama Sekolah Tinggi Teologi Amanat Agung (STTAA) disahkan dalam Rapat Majelis GKJMB.
9 September 1996
Yayasan Amanat Agung secara resmi didirikan. Pendirian STT Amanat Agung sudah resmi.
28 Agustus 1997
Dalam suatu Kebaktian Peresmian di GKJMB Rayon III Greenville Jakarta. Dalam acara tersebut juga dilaksanakan penandatanganan prasasti peresmian oleh : Drs. Jan Kawatu (Dirjen Bimas Kristen Protestan), Pdt. DR. William Hodaviah Hosanna (Gembala Sidang GKJMB), Suhendro Hadiwijoyo (Ketua Majelis) dan Hendrawan Haryono (Ketua Yayasan Amanat Agung). Lokasi kampus STTAA terletak di Greenville Blok C 3 No. 1 di atas tanah seluas ± 1000 m2.
16 April 1999
Bapak Pdt. Poltak Siahaan, S.Th. sebagai Dirjen Bimas Kristen Protestan telah melakukan visitasi dalam rangka proses akreditasi STTAA. Kini STTAA telah terdaftar dengan SK Menteri Agama Republik Indonesia No. 36 Th. 2001.
17 Mei 2002
Penandatanganan Memorandum of Understanding dalam rangka kerjasama antara STT Amanat Agung dengan Seminari Alkitab Asia Tenggara (SAAT) Malang. Pihak SAAT membantu secara penuh pengelolaan manajemen STT Amanat Agung. Setelah berjalan 5 tahun dari 10 tahun yang direncanakan, kedua belah pihak menyetujui bahwa pengelolaan sudah bisa dikembalikan secara penuh kepada STTAA. Maka bulan Agustus 2007, MoU kerjasama pengelolaan diakhiri.
Agustus 2007
Setelah 10 tahun pertama STTAA menggunakan gedung kampus di kompleks Greenville C3/1, Jakarta Barat, mulai Agustus 2007, bertepatan dengan dimulainya semester ganjil tahun ajaran 2007-2008 STTAA menempati kampus baru di Jalan Kedoya Raya No. 18, Jakarta Barat. Di atas tanah seluas 5000 m2 yang dibeli pada tahun 2005 tersebut berdiri dua gedung utama, yaitu gedung I (kantor, kelas, perpustakaan, asrama putra) dan gedung II (ruang makan, pastori, dan asrama putri).
STTAA adalah lembaga pendidikan teologi yang bersifat interdenominasi, karena itu STTAA menerima mahasiswa dari berbagai denominasi gereja. STTAA adalah anggota Perhimpunan Sekolah-sekolah Teologi di Indonesia (PERSETIA) dan Asia Theological Association (ATA). Sebagai lembaga pendidikan teologi, STTAA telah mendapatkan pengakuan berupa akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan tinggi (BAN-PT) untuk program S.Th. dan Asia Theological Association (ATA) untuk program S.Th., M.Div., dan M.Th. - keduanya berlaku sampai tahun 2019.